Foi em meados de 1717, quando chegou a Guaratinguetá a notícia de que o conde de Assumar, D. Pedro de Almeida e Portugal, governador da então Capitania de São Paulo e Minas de Ouro, iria passar pela povoação a caminho de Vila Rica – Ouro Preto, em Minas Gerais.

Em vista de oferecer uma boa estada com um bom pescado que obtivessem, os pescadores Domingos Garcia, Filipe Pedroso e João Alves lançaram as suas redes no rio Paraíba do Sul. Depois de muitas tentativas infrutíferas, descendo o curso do rio chegaram ao Porto Itaguaçu, a 12 de outubro. Já sem esperança, João Alves lançou a sua rede nas águas e apanhou o corpo de uma imagem de Nossa Senhora da Conceição sem a cabeça. Em nova tentativa apanhou a cabeça da imagem. Envolveram o achado em um lenço. Daí em diante, os peixes chegaram a fuzél para os três humildes pescadores.

Durante quinze anos a imagem permaneceu na residência de Filipe Pedroso, onde as pessoas da vizinhança se reuniam para rezar. A devoção foi crescendo entre o povo da região e muitas graças foram alcançadas por aqueles que oravam diante da imagem. A fama dos poderes extraordinários de Nossa Senhora foi se espalhando pelas regiões do Brasil. Diversas vezes as pessoas que à noite faziam diante dela as suas orações, viam luzes de repente apagadas e depois de um pouco reacendidas sem nenhuma intervenção humana. Logo, já não eram somente os pescadores os que vinham rezar diante da imagem, mas também muitas outras pessoas das vizinhanças. A família construiu um oratório no Porto de Itaguaçu, que logo se mostrou pequeno.

Por volta de 1734, o vigário de Guaratinguetá construiu uma capela no alto do morro dos Coqueiros, com a ajuda do filho de Filipe Pedroso. A capela foi aberta à visitação pública em 26 de Julho de 1745.

Em 20 de abril de 1822, em viagem pelo Vale do Paraíba, Dom Pedro I e sua comitiva visitaram a capela e a imagem de Nossa Senhora.

Em 1834 teve início a construção de uma igreja maior (a atual Basílica Velha) para acomodar e receber os fiéis que aumentavam significadamente, sendo solenemente inaugurada e benzida em 8 de Dezembro de 1888.

Em 1894 chegaram os Missionários Redentoristas, aos quais foram confiados a obra da devoção a Nossa Senhora.

Em 4 de Julho de 1980 o Beato João Paulo II consagrou a Basílica Nacional de Nossa Senhora Aparecida, o maior santuário mariano do mundo.

Estudos comprovam que a imagem de Nossa Senhora Aparecida encontrada no rio Paraíba do Sul em 1717, foi produzida pelo monge beneditino do Mosteiro de São Bento de São Paulo, Frei Agostinho de Jesus, o primeiro escultor brasileiro.